Das Landesarchiv verwahrt auch Unterlagen nichtstaatlicher Herkunft, um neben der amtlichen Überlieferung weitere vielfältige Quellen zur Landesgeschichte der Forschung und interessierten Öffentlichkeit zugänglich zu machen.

Besondere Bedeutung kommt dabei den Adels- und Gutsarchiven zu, von denen das Landesarchiv an den Standorten Wernigerode und Dessau mehr als 260 mit einem Gesamtumfang von rund 4.000 laufenden Metern verwahrt. Die Adels- und Gutsarchive wurden 1945 im Rahmen der Bodenreform enteignet und werden seit 1994 sukzessive an die Alteigentümer oder deren Erben zurückübertragen. Das Landesarchiv beteiligt sich aktiv an der Rückführung der Archive in das Eigentum der jeweiligen Familien und bemüht sich gleichzeitig, die einzigartigen historischen Zeugnisse langfristig zu sichern und benutzbar zu halten.
Die Gutsarchive enthalten regelmäßig Unterlagen zur Patrimonialherrschaft, zur Gutswirtschaft und zur Familiengeschichte. Sie spiegeln dadurch die vielfältige Rolle des landsässigen Adels innerhalb der lokalen Verwaltung, der Gerichtsbarkeit und des Kirchenpatronats, die Bedeutung der Güter als wirtschaftliche Faktoren sowie das Engagement von Mitgliedern der verschiedenen Adelsfamilien in Staat, Diplomatie, Militär und Kultur wider. Gleichzeitig eröffnen die Gutsarchive einzigartige Einblicke in das Leben der ländlichen Bevölkerung.
Während die Überlieferung in einigen größeren Gutsarchiven wie beispielsweise Beichlingen, Bodenstein, Ostrau oder Walbeck bis in das hohe Mittelalter zurückreicht, liegt der zeitliche Schwerpunkt der meisten Bestände zwischen dem 16. und dem 20. Jahrhundert.
Besonders hervorzuheben ist die Überlieferung der Herrschaften der Fürsten zu Stolberg-Wernigerode, Stolberg-Stolberg und Stolberg-Roßla, die sowohl aufgrund der politischen Stellung der Fürsten als auch aufgrund des Umfangs der schriftlichen Hinterlassenschaften nur bedingt mit den übrigen Adels- und Gutsarchiven zu vergleichen sind.
Gleichfalls erwähnenswert sind die erfolgreichen Bemühungen um den Verbleib des Familienarchivs von Hardenberg im Land Sachsen-Anhalt. Nähere Informationen hierzu bietet der Menüpunkt »Familienarchiv von Hardenberg« im Seitenmenü links.

Nachlässe und Sammlungen als Ergänzungen zu den eigenen Beständen werden an allen Standorten des Landeshauptarchivs aufbewahrt. Dazu zählen Deposita von Kommunen, Kirchengemeinden, Familien und Privatpersonen, wissenschaftliche, politische und literarische Nachlässe bedeutender Persönlichkeiten sowie Sammlungen von Karten, Autographen, Siegeln, Wasserzeichen, Plakaten und Fotos. Besonders hervorzuheben sind die Leichenpredigtensammlungen am Standort Wernigerode, die mehr als 11.000 Drucke vom 16. bis zum 18. Jahrhundert umfassen.